Pakan udang lebih banyak terbuang dan tak terkonsumsi dibanding ikan. Nilai energi untuk pemeliharaan tubuh termasuk adanya moulting juga lebih tinggi. Namun kotoran yang terbuang lewat saluran pencernaan lebih rendah. Hal ini tentu harus sesuai konteks pakan optimal untuk tiap spesies. Ini hanya gambaran umum pemanfaatan pakan secara garis besar pada dua golongan biota budidaya.Banyaknya kotoran dari budidaya udang berimplikasi pada seringnya wabah penyakit yang terjadi di tambak.
Di alam senyawa nitrogen amonia dan nitrat terhitung barang langka. Namun limbah ini dalam kolam sangat banyak. Sekitar 70% dari total nitrogen yang masuk dibuang ke luar tubuh. Teknik untuk menghilangkan senyawa ini dalam kolam selalu menjadi topik utama dalam penelitian akuakultur .