Pada masa lalu, benih diberi pakan dengan plankton yang ditumbuhkan secara langsung di kolam (20-200 m3) dengan penebaran pupuk atau disebut pula dengan sistem mesokosmos. Namun, karena jenis dan kepadatan plankton yang tidak dapat dikontrol dan kelangsungan hidup benih yang rendah sehingga sekarang ini kultur diatom secara terpisah menjadi lebih diminati.
Walaupun berbagai macam pakan terformulasi telah sukses dikembangkan sampai pada tahap komersil, kebutuhan pakan alami pada pembenihan udang masih belum tergantikan. Pakan alami masih menjadi kunci utama kesuksesan dan keberlanjutan pembenihan udang yang menguntungkan. Diatom (golongan mikroalga) dan artemia (udang renik) adalah contoh pakan alami yang utama tersebut. Diatom diberikan untuk tahap larva sedangkan artemia diberikan bagi post larva.
Adanya diatom tergolong menguntungkan untuk pembenihan udang walaupun modal investasi awal cukup besar (fasilitas kultur murni). Diatom merupakan penghubung antara makanan yang dibawa larva dalam bentuk kuning telur (endogenous feeding) dan pakan buatan (exogenous feeding). Golongan diatom saat ini belum tergantikan oleh mikroalga lain, seperti alga hijau, dengan kemampuan mendukung kelangsungan hidup larva sampai 80%. Komposisi selnya yang spesial menyediakan nutrisi yang cocok, lengkap dan seimbang bagi larva udang. Pemberian ke air tidak merusak kualitas air dan bahkan membantu memperbaiki dengan menyerap limbah serta menurunkan prevalensi bakteri pathogen.
Ketersediaan diatom disesuaikan dengan kebutuhan pembenihan berdasarkan : jenis, jumlah dan waktu. Jenis yang diinginkan diperbarui secara terus menerus dan menyuplai tahap kultur berikutnya. Spesies diatom yang terbukti efektif dipakai dalam pembenihan udang adalah dari genus Skeletonema dan Chaetoceros. Diatom diberikan pada stadia zoea 1-3 dan mysis 1-3. Sedangkan pemberian diatom untuk post larva hari kesatu ditujukan untuk perbaikan kualitas air.
Chaetoceros adalah sebuah genus diatom yang memiliki spesies ratusan. Ciri khasnya adalah setae (rambut) yang tumbuh diagonal dari setiap sudut selnya. Setae berguna untuk melekatkan satu sel dengan sel lain untuk membentuk koloni dan memperlambat sel tenggelam. Spesies dalam genus Chaetoceros yang sering dipakai dalam pembenihan udang adalah jenis C. gracilis dan C.calcitrans. Pemberian Chaetoceros pada tahap zoea menunjukkan kelangsungan hidup larva yang lebih baik apabila dibandingkan dengan hanya pemberian Skeletonema.
Genus Skeletonema tersebar luas di perairan laut dunia. Spesies yang dimanfaatkan luas dalam akuakultur adalah Skeletonema costatum. Pertumbuhan populasinya yang cepat, penanganan mudah dan kualitas nutrisinya yang sesuai dengan kebutuhan larva, menjadikannya populer dalam pembenihan udang.