Seleksi bibit diatom dapat dilakukan secara visual atau dengan pengamatan mikroskopis. Bibit diatom yang baik secara visual terlihat cokelat keemasan dan mengkilat. Jika dilihat dengan gelas transparan terlihat seperti butiran seukuran debu yang lembut. Bibit yang kurang bagus terlihat pucat atau menggumpal. Penggumpalan dapat terjadi karena perubahan drastis kondisi lingkungan (salinitas dan suhu) yakni saat transfer bibit ke media baru (Gambar 2) atau karena kematian (Gambar 8). Secara mikroskopis bibit diatom dipilih dari sel yang besar dan penuh berisi cairan sel. Ukuran seperti ini biasanya ada pada kultur yang masuk tahap eksponensial akhir dengan ciri populasi masih tumbuh namun mulai melambat (dihitung dengan haemocytometer). Pada kultur Skeletonema, bibit dapat dipilih dari koloni yang tidak terlalu panjang dan sedang membelah. Kondisi bibit Skeletonema dan Chaetoceros yang baik dapat dilihat pada Gambar 1, 5 dan 6.
Bibit yang terkontaminasi alga lain, seperti Nitzchia (Gambar 3), Cilliata bertangkai (Gambar 4), atau Cilliata perayap (Gambar 7) sebaiknya tidak digunakan kecuali sudah dimurnikan kembali.