Pengamatan secara mikroskopis dilakukan dengan memeriksa paling sedikit 20 ekor sampel dari setiap bak pemeliharaan. Parameter yang diamati antara lain kondisi hepatopankreas, deformitas, keseragaman ukuran, isi usus, melanisasi, peristaltik usus, rasio otot dan usus serta bolitas.
1. Kondisi hepatopankreas dan saluran pencernaan. Terdapat banyak gelembung (lemak) pada hepatopankreas dan saluran pencernaan berisi makanan serta terlihat gerakan peristaltik yang kuat. Selain itu tidak terlihat juga lepasnya sel epitel pada usus.
2. Nekrotik pada tubuh dan alat gerak. Keberadaan nekrosis pada organ tersebut mengindikasikan kanibalisme dan kejadian infeksi bakteri.
3. Tidak terjadi deformitas pada larva, baik itu rostrum, kepala, ekor, alat gerak dan organ lainnya.
4. Tidak ditemukan organisme penempel (fouling organism)
5. Infeksi Baculovirus. Pengamatan mikroskopis menggunakan pewarnaan Malachite green dapat juga memperlihatkan adanya infeksi Baculovirus pada larva.