Kualitas kultur diatom dapat dilihat dari kepadatan, kemurnian dan morfologinya. Diatom memperoleh nutrisi dan lingkungan yang tepat akan tumbuh lebih cepat dan lebih padat. Kepadatan diatom dihitung sejak dari awal kultur sampai akhir kultur setiap 24 jam. Dengan menghitung kepadatan untuk mengetahui masa puncak populasi diatom yang dikultur. Penghitungan plankton menggunakan alat hitung haemocytometer dengan bantuan mikroskop.
Berdasarkan kepadatan populasinya, perhitungan plankton dapat dilakukan dengan membagi jumlah rata-rata per kotak yang diamati (Gambar 7.) dengan volume kotak tersebut dan mengalikannya dengan 1000. Volume kotak dari yang terkecil sampai terbesar adalah 0,00025 µl, 0,004 µl, 0,005 µl, 0,00625 µl, 0,1 µl. Perbedaan ukuran ini bermanfaat ketika akan mengukur mikroalga yang berukuran macam-macam. Untuk mengukur Skeletonema lebih baik menggunakan kotak berukuran besar sedangkan Chaetoceros dapat menggunakan kotak yang lebih kecil.
Berdasarkan kepadatan populasinya, perhitungan plankton dapat dilakukan dengan membagi jumlah rata-rata per kotak yang diamati (Gambar 7.) dengan volume kotak tersebut dan mengalikannya dengan 1000. Volume kotak dari yang terkecil sampai terbesar adalah 0,00025 µl, 0,004 µl, 0,005 µl, 0,00625 µl, 0,1 µl. Perbedaan ukuran ini bermanfaat ketika akan mengukur mikroalga yang berukuran macam-macam. Untuk mengukur Skeletonema lebih baik menggunakan kotak berukuran besar sedangkan Chaetoceros dapat menggunakan kotak yang lebih kecil.