Di air permukaan dan air tanah klorin bukan konstituen alamiah, sehingga keberadaannya disana menjelaskan adanya kegiatan manusia seperti pengolahan limbah. Dalam akuakultur, klorin digunakan untuk desinfeksi air, peralatan dan bak-bak pemeliharaan. Fisik chlorine yang digunakan biasanya dalam bentuk gas (Cl2) dan granul atau bubuk seperti sodium hipoklorit (NaOCl) dan kalsium hipoklorit (Ca(OCl)2). Penggunaan gas klorin lebih efisien untuk perlakuan air volume besar karena biayanya relatif lebih rendah.
Efek toksik chlorinasi terletak pada pembentukan asam hipoklorit (HOCl) dan hasil penguraiannya yakni ion hipoklorit (OCl-). Asam hipoklorit relatif lebih toksik dibanding ion hipoklorit. Ini dikarenakan sifat ion yang dimiliki hipoklorit sehingga penetrasinya ke dalam membran lebih terhambat. Keduanya adalah antioksidan kuat dan merusak insang dengan masuk melalui membran sel dan daya rusaknya bersifat menyeluruh seperti struktur sel, enzim dan purin, pirimidin dari DNA-RNA. Fakta-fakta penting:
1. Asam hipoklorit banyak terbentuk pada pH asam sedangkan ion hipoklorit meningkat pada pH basa. Dengan demikian klorinasi lebih efektif pada pH asam. Asam asetat bisa ditambahkan untuk meningkatkan efektifitasnya.
2. Diperlukan 7,4 ppm Na2S2O3.5H2O untuk menetralisir 1 ppm klorin
3. Adanya bahan organik termasuk karbon aktif dapat mengurangi efektifitasnya.
4. Desinfeksi air limbah dapat dilakukan dengan 1-3 ppm klorin atau 3-5 ppm jika ada pathogen. Sedangkan peralatan didesinfeksi dengan dosis 100-200 ppm selama 30 menit.
5. Dosis 0,1-0,3 ppm cukup toksik untuk membunuh ikan.